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西亚试剂::基于染色质免疫沉淀和高通量测序的鉴定DNA易损位点的手段

2012年12月17日,北京生命科学研究所杜立林实验室在《Genome Research》杂志在线发表题为“Mapping genomic hotspots of DNA damage by a single-strand-DNA-compatible and strand-specific ChIP-seq method”的文章。

在细胞的正常生理过程中,特别是DNA复制的过程中,DNA有可能发生损伤,从而对基因组的稳定性造成威胁。基因组结构与功能的不均一性使得在不同位置发生DNA损伤的几率也不相同。基因组上某些位点显示更高程度的不稳定性和易受损性,比如人类染色体上的脆性位点。参与维持基因组稳定性的很多基因的一个功能是保护基因组上的某些特殊位点。当这些基因的功能丧失时,被它们保护的位点就可能变成DNA易损位点。因此,系统地分析不同基因突变体中DNA易损位点的分布规律和在这些位点发生的损伤的特征,可以帮助我们更深入地了解维持基因组稳定性的机理。

利用DNA修复蛋白在DNA损伤位点聚集的特性,杜立林实验室建立了一个基于染色质免疫沉淀和高通量测序的鉴定DNA易损位点的手段,称为SPI-Seq。这个方法的主要特点是能报告结合单链DNA的修复蛋白(如Rad52)在基因组上的分布,并能揭示其结合的单链DNA的链特异性。

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