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序列特异性DNA结合蛋白何以能在数量巨大的非特异性DNA中找到目标是一个长期未解之谜。一个比较受欢迎的模型是,序列是作为DNA螺旋的“大沟”中蛋白与碱基之间氢键的形成被读取的。对蛋白-DNA复合物三维结构所做的一项新的分析表明,DNA形状是识别的关键。DNA序列的前后部分通过让精氨酸优先与带负电的“口袋”结合改变DNA螺旋“小沟”的宽度。DNA在核小体核心颗粒中的定位是这一效应的一个例子