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酶利用基质结合能来促进基态结合和选择性地降低反应过渡态的能量。Thyme等人已确定,对单体“归巢”核酸内切酶I-AniI(该酶能以高序列特异性分解双链DNA)来说,这种酶的N-端区域的突变造成某些运动参数(KA 和 KM)增加,而C-端区域的突变则减小另一运动参数(kcat)。在利用酶基质结合能进行催化方面的这一出乎意料的非对称性,也许使研究人员能够更有效地重新设计核酸内切酶,来分解基因组目标点,用于基因疗法和其他生物医学应用。(