西亚试剂 ；单分子实时测序技术帮助大猩猩上头条

4月初，大猩猩基因组的研究成果又上了一次头条，还是《Science》杂志的封面。咦？怎么有个“又”字？原来，在2012年，大猩猩基因组已经上过《Nature》的头条。一般来说，一次头条已经不容易，大猩猩凭啥上两次。  原来，研究人员利用PacBio单分子实时测序技术产生的长读取，第一次发现了之前错过的一些基因和遗传变异形式。现在他们以接近小鼠和人类基因组的高质量，完成了西部低地大猩猩（Western lowland gorilla）的基因组测序和组装。  华盛顿大学基因组科学教授Evan Eichler领导的研究团队在论文中解释了，为什么以往的大猩猩和其他哺乳动物基因组组装一直支离破碎、不完整、并且有可能具有误导性。  大规模平行测序技术，在提高速度，改善精度和降低基因组测序成本的同时，通常只能生成短读长序列，在测序后采用基因组组装软件将这些序列拼接到一起。这些软件试图利用序列之间的重叠来重建原基因组。不幸地是，人类和其他灵长类动物基因组中常见的长重复DNA，会使组装软件发生混乱，将基因组打碎成非常小的片段。  Eichler谈到，采用短读长技术构建的原西部低地大猩猩基因组被打碎成40多万个片段。“这些缺口并非随机，而是集中在重复序列位点。如果遗传学家不能捕获这些重复序列，确定基因组中的一些结构差异，他们将会难以了解基因的组织并比较物种内及跨物种的遗传变异，”他说。  在新的研究中，他们采集了一只名为Susie的雌性大猩猩的血液样本，利用PacBio SMRT测序技术和最新的P6-C4试剂，得到了Susie基因组的75x覆盖度的数据。之后，他们使用FALCON软件和已有的Quiver算法进行de novo 组装和纠错。  利用长读长进行de novo组装而非简单地将序列与人类参考基因组比对，研究人员可以填补序列缺口，并更加细致地查看结构变异，重复序列以及逆转座子。     不过，研究人员仍然遇到令人头疼的异染色质区，棘手的连续片段重复序列，其中往往含有较短的组装contigs。不过整体的组装效果看上去比最初的gorGor3参考基因组更加连续和完整。 以上资料由西亚试剂：http://www.xiyashiji.com/