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通过分析Gag结合的RNA序列,研究人员发现,该蛋白似乎根据位置而改变它对核苷酸的喜好。细胞质中的Gag更喜欢富含鸟嘌呤的RNA序列,但在质膜上,Gag暂时被吸引到富含腺嘌呤的序列。引人注意的是,HIV-1基因组特别富含腺嘌呤——HIV-1基因组一种不同寻常的性质,迄今都令科学家困惑。
即使是几年前,不用CLIP是不可能观察到RNA结合行为的这种变化的。Bieniasz说:“Gag结合富含腺嘌呤的RNA,之前用任何方法都无法看到。”CLIP是由他的同事Robert B. Darnell的实验室开发,在洛克菲勒大学Thomas Tuschl实验室得以完善。
RNA结合的突然转变似乎是多聚化依赖性的——就是说,通过Gag在质膜的聚集而诱导,这可能会阻塞某些蛋白质表面并改变结合行为。
Bieniasz说:“这是首次例证,一个RNA结合蛋白这种特异性的巨大改变,取决于它在细胞中的位置。它真正改变了我们对‘艾滋病毒如何包装其基因组’的理解方式。”
第二个令人惊讶的主要发现是,Gag也结合细胞tRNA。Gag的一个区域可以指导蛋白质到质膜——称为矩阵域,可结合tRNA。虽然研究人员还不能确定tRNA结合所发挥的功能,但他们认为,这可能通过作为一种临时防护,屏蔽不必要的RNA或膜结合,有助于调节和放慢病毒装配的过程
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