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非编码RNA(ncRNA)往往与蛋白质协作,生成复杂的结构,并参与细胞调控。 为了揭示非编码RNA-蛋白质复合体(RNP)的组成和动态,Howard Chang教授最近在ChIRP的基础上开发了质谱分析技术ChIRP-MS。这是一种RNA导向的蛋白质组学技术(RNA-directed proteomics),能够全面鉴定特定非编码RNA的结合蛋白。这一成果发表在四月二日的Cell杂志上。
Howard Chang教授曾入选HHMI2009年早期职业科学家项目(2009 Early Career Scientist Program),获得百万美元资助。这项计划会在6年中为每一位入选科学家提供包括薪酬,福利和研究预算在内的,超过150万美元的经费支持,这些科学家也会被聘为霍华德休斯医学研究院的全职研究员。近几年Howard Chang教授多次在Nature等顶级期刊上发表成果。
研究人员在这项研究中用ChIRP-MS分析了四种ncRNA,捕捉到了与它们发生互作的关键蛋白。Xist是X染色体失活(XCI)所必需的lncRNA。研究显示,在X染色体失活的过程中,Xist lncRNA分两步与多达81种蛋白结合,包括染色质修饰蛋白、细胞核基质蛋白、以及RNA重塑通路(RNA remodeling pathway)中的蛋白。举例来说,蛋白HnrnpK参与了Xist介导的基因沉默和组蛋白修饰,蛋白Spen与基因沉默有关。
这项研究为人们提供了一个研究非编码RNA的有力工具,并由此展示了Xist lncRNA在X染色体失活中起到的具体作用。
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