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长非编码RNA(lncRNA)是长达两百个核苷酸以上的转录本,绝大多数位于细胞核内。虽然lncRNA没有编码任何蛋白质,但它们在不同组织和发育阶段的表达依然具有特异性,这说明lncRNA具有重要的生物学意义。在测序技术的帮助下,人们已经发现了数千种lncRNA,但这些lncRNA的生物学功能依然还是个谜。
众所周知,要了解一个分子的功能,应该去寻找它的搭档。2011年,斯坦福大学的Howard Chang教授开发了ChIRP技术(chromatin isolation by RNA purification),该技术可以在全基因组范围内鉴定RNA与染色质的互作,被不同领域的研究者们广泛采用。(延伸阅读:从互作揭开lncRNA的秘密)
非编码RNA(ncRNA)往往与蛋白质协作,生成复杂的结构,并参与细胞调控。 为了揭示非编码RNA-蛋白质复合体(RNP)的组成和动态,Howard Chang教授最近在ChIRP的基础上开发了质谱分析技术ChIRP-MS。这是一种RNA导向的蛋白质组学技术(RNA-directed proteomics),能够全面鉴定特定非编码RNA的结合蛋白。这一成果发表在四月二日的Cell杂志上。
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