西亚试剂：中科院昆明所王文研究组成功解析长雄野生稻基因组

 近日，国际学术杂志《Cell》子刊《Molecular Plant》杂志在线发表了中国科学院昆明动物所王文研究组与云南省农业科学院粮食作物研究所胡凤益研究组、华大基因、美国亚利桑那大学、昆明理工大学、中国农业科学院作物科学研究所等6加单位合作发表的研究论文，题为“Genome and Comparative Transcriptomics of African Wild Rice Oryza longistaminata Provide Insights into Molecular Mechanism of Rhizomatousness and Self-Incompatibility”，研究成功解析长雄野生稻基因组。王文研究组的张业胜、刘晖，胡凤益研究组的张石来、李丽娟以及中国农科院的傅彬英研究员为共同第一作者，胡凤益研究员、王文研究员以及美国亚利桑那大学的Rod Wing 教授为本文的共同通讯作者。

长雄野生稻(Oryza longistaminata)是非洲的一种野生稻，拥有众多优良性状，如地下茎、自交不亲和以及抗虫、抗病等性状，这些性状将为我们改良目前的栽培稻提供重要的遗传资源。长雄野生稻基因组的解析无疑将是我们更加有效利用其基因资源的关键一步。然而由于长雄野生稻自交不亲和导致了其基因组的高杂合度(1.3% estimated by k-mer distribution )，这为我们解析长雄野生稻基因组带来了非常大的挑战。

王文研究组与云南省农业科学院粮食作物研究所胡凤益研究组、华大基因、美国亚利桑那大学、昆明理工大学、中国农业科学院作物科学研究所等6加单位合作，利用二代测序技术(Illumina GA2, Hiseq2000以及Roche GS FLX+)对长雄野生稻进行了大量测序，通过混合组装技术成功组装出高质量的长雄野生稻基因组。随后我们对长雄野生稻与近缘物种的分歧时间、基因的收缩扩张等进行了分析。同时，针对长雄野生稻的地下茎以及自交不亲和性状，我们测序了8个相关组织的转录组并进行了比较转录组学的研究，成功鉴定出一批可能影响以上2个性状的候选基因以及代谢途径，这为我们进一步解析地下茎以及自交不亲和分子机制提供重要的线索

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