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西亚试剂:现有微生物组研究计划的问题

2005年巴黎研讨会之后,国际科学界开展了至少8项人体微生物组研究计划,包括美国人体微生物组计划,加拿大微生物组研究项目,metaHIT(欧盟和中国参与)以及日本的人体元基因组研究项目。

这些研究计划生成了大量的数据,但是很难对这些数据进行比较和整合。例如,很多人体微生物组的研究利用16S rRNA基因识别到种(或者可操作分类单元OTU)的水平,并确定不同细菌的进化关系。使用不同的扩增16S rRNA基因的引物(为DNA合成提供起始点),最终获得的序列数据会有很大的差别。用不同的软件包分析同一个生物样品的测序数据,对该样品含有的微生物物种数量的估计可以差2-3个数量级。

不同的人体微生物研究采用的方法不同,导致不能有效地比较和诠释这些研究结果。2008年成立的国际人体微生物组联盟(International Human Microbiome Consortium)和2011年开展的国际人体微生物组标准项目(International Human Microbiome Standards),已经尝试去解决这些问题。但是,许多国家的微生物组研究计划已经进行得很久了,这些协调和标准制定的努力才开始做起来。这些推动各国项目协调和标准化的努力,都遇到各个国家在数据分享和所有权和产权的政策方面的差异带来的困扰。

 

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