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有两个主要因素阻碍了我们对微生物在生物圈中起到的作用的认识。一是生命科学领域的“碎片化”,二是正在进行的微生物组研究之间缺乏协调合作。
之所以说不同学科知识之间的分隔是微生物研究的障碍,是因为对植物和动物的研究都要根植于微生物学。举例来说,数十年来,科学家们都在人体生理和基因表达的范畴内研究哺乳动物消化道的昼夜节律。然而就在过去的两三年间,生物学家发现,每天肠道运动的周期性,如消化酶的产生、肠道细胞的基因表达等等,都依赖于肠道菌群的活动。微生物产生的化合物可以直接改变肠道,或进入宿主的血液系统,通过神经、激素和免疫通路影响中枢神经系统。
启发产生这种想法的第一个证据是,本文的作者之一Margaret McFall-Ngai教授发现海洋发光微生物vibrio fischeri产生的生物荧光或其他产物可以调节乌贼中与昼夜节律有关的隐花色素基因的表达。这个发现提示了研究生命之树上所有分支上的物种中的宿主-共生微生物关系的重要性,即使只包含一种共生微生物的物种也有研究价值。
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