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西亚试剂:交互笔记 共享你的思想

我可以通过浏览学生的笔记本,确切地了解他们做了哪些工作,然后进行修改,寻找不同的参数,提出不同的观点。在世界任何一个地方,我都可以进行这些操作。

Titus Brown一边飞行在太平洋上空,一边深潜到学生的研究代码中。从美国东兰辛市密歇根州立大学到澳大利亚墨尔本参加会议的这次长途旅行,给这位生物信息学家详细检查实验室的新运算法则以及去除RNA序列中的错误提供了一次良机。

3年前,Brown必须要等回到办公室后才能这样做,因为如果不经过其他研究人员的解释,他很难潜入到他们的代码中,并对这些代码进行修改以生成新的研究结果。但现在Brown可以用一个免费的开放性软件包在很远的地方与实验室的人一起工作,这个软件包就是IPython,它可以帮助研究人员保存一份详细的实验室运算笔记。

Brown的学生写出说明文本后,附上他们研究生成的原始代码、图标以及数据。然后,坐在飞机上的Brown就可以用电脑里下载的IPython笔记本应用程序零距离接触到学生的研究成果。他重新运行代码后,该程序就会直接执行命令并呈现出他正在阅读的这份材料,让他随时看到他的修改是否有助于提高运算法则。“我可以通过浏览学生的笔记本,确切地了解他们做了哪些工作,然后进行修改,寻找不同的参数,提出不同的观点。”他说,“在世界任何一个地方,我都可以进行这些操作。”

IPython 笔记本的设计目的是让数据分析更容易分享和再生,目前用它来给科研做详细记录、设计教学模型以及与他人合作,其科学家用户已越来越多。一些研究人员甚至会出版这些笔记本,来支持他们的研究论文。Brown就是其中之一,他也在推动着让这个程序成为互动科学出版的新模式。

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