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西亚试剂:与R语言一起探索未知的世界

R语言这种目前非常流行的、免费的、图形化的统计学软件让科研人员能够自己完成数据的统计和分析工作。

多年以来,遗传学家Helene Royo一直都使用商业化的计算机软件完成她的数据分析工作。她提取正在发育中的小鼠精子细胞的DNA进行试验分析,然后用一种名叫GeneSpring的软件对试验结果进行研究。“作为一名科学家,我希望对我正在开展的工作有一个全面的了解。但是这种软件分析满足不了我的需求,使用这种软件时我只能按按电脑键盘,最后得到一个结果而已。” Royo这样介绍道。Royo的主要工作是比较不同染色体的遗传活性(genetic activity),随着她的工作不断的深入,她逐渐意识到,商业化的计算机软件已经无法满足她在科研工作中对数据处理的需求了。

在Royo刚刚开始做博后的时候,她拿到了第一份基因组测序试验的结果,当时她面临一个选择,将这些数据交给相关的专家进行分析,或者是自己学着去分析这些数据。她选择了后者,开始学习如何使用免费的开源统计软件R来进行数据分析。在Royo供职的瑞士Friedrich Miescher生物医学研究所(Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research in basel, Switzerland)里,R软件已经被用于常规的数据统计工作。但是Royo跟随的却是一个更大的潮流,很多学术科研机构都在尝试摆脱商业化的数据分析软件,而R软件就是一个很好的选择。

R软件之所以如此受欢迎,除了因为它是免费软件之外,还有一个原因就是因为它能以不同的面目面对不同的使用者。首先,也是最重要的一点,需要用命令行形式进行输入的编程语言对于非程序员而言就是噩梦。但是R语言的初学者就可以越过这些复杂的编程步骤,使用预设的一套软件,这里面包含有各种统计分析命令和图形化的数据形式。这样一些预制的软件就在“黑匣子”般的商业化的软件与专业的程序员之间建起了一个中间地带。“R语言让一切都变得非常简单,能够满足我的所有需要。” Rojo评价道。

实际上,这也正是R语言的开发者在20世纪90年代开发这套工具时的初衷和设计。新西兰奥克兰大学(University of Auckland in New Zealand)的统计学家Ross Ihaka和 Robert Gentleman对计算机非常感兴趣,但是他们找不到能够满足他们需要的软件。于是他们决定自己开发一套软件,完成数据分析和统计的工作。他们将这套工具命名为R语言,有一部分原因是因为他们俩名字的第一个字母都是“R”,另外一部分原因是因为当时有一套非常流行的编程语言名叫“S”,所以他们取名“R”。

在互联网刚刚兴起的年代,R语言就迅速获得了全世界需要统计学软件,同时也愿意贡献自己想法的科学家的广泛关注。Ihaka和Gentleman决定向所有人免费开放R语言的源代码。很快,擅长写程序的科学家就利用R语言开发出了各种软件包和预设的程序,以满足各种不同的工作需要。据Gentleman介绍,他也可以为从事天文学研究的人写一套程序,但是如果是天文学家自己来写这套程序,那肯定会好用得多。

 

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